Caracterización de la resistencia antimicrobiana y el genoma de una Salmonella enterica serovar Rissen (FARPER-637) aislada de cerdos en Perú

Salmonella enterica serovar Rissen es un serovar zoonótico emergente cada vez más asociado con infecciones transmitidas por alimentos y resistencia antimicrobiana a nivel mundial (1, 2). Aunque se ha detectado en sistemas de producción porcina en múltiples regiones, su presencia y caracterización genómica en Perú siguen estando poco documentadas (3, 4). Aquí, describimos el perfil de susceptibilidad antimicrobiana y la secuencia del genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) de la cepa FARPER-637, aislada dentro de una iniciativa nacional de vigilancia de la resistencia antimicrobiana realizada en 2025 (5).

FARPER-637 fue aislada a partir de un hisopado rectal obtenido de cerdos clínicamente sanos en una granja comercial ubicada en la provincia de Arequipa, región Arequipa, al sur del Perú. Las muestras fueron recolectadas en agua peptonada tamponada (BPW, por sus siglas en inglés), en una proporción de 1:9, y transportadas a 4 °C. Para el aislamiento se aplicaron métodos microbiológicos convencionales, que incluyeron: enriquecimiento selectivo en caldo Rappaport–Vassiliadis a partir de BPW; aislamiento en agar xilosa lisina desoxicolato mediante diluciones seriadas de diez veces; identificación bioquímica de colonias aisladas utilizando el sistema Analytical Profile Index (API 20E), obteniéndose el perfil bioquímico 6,304,752, característico del género Salmonella; y PCR dirigida al gen invA realizada a partir de colonias purificadas (6–8). La prueba de susceptibilidad a los antimicrobianos (AST) se realizó mediante el método de difusión en disco de Kirby–Bauer sobre agar Mueller-Hinton, siguiendo los lineamientos del CLSI M100-2025, con incubación a 37 °C durante 18–24 horas en condiciones aerobias (9). El aislamiento presentó resistencia a ampicilina, tetraciclina, doxiciclina y colistina; susceptibilidad intermedia a cefoxitina y ácido nalidíxico; y susceptibilidad a β-lactámicos, aminoglucósidos, carbapenémicos, amfenicoles, trimetoprima-sulfametoxazol, fosfomicina y ciprofloxacina.

El ADN genómico fue extraído utilizando el kit DNeasy Blood and Tissue (Qiagen, Alemania) de acuerdo con el protocolo del fabricante. La integridad del ADN fue evaluada mediante electroforesis en gel de agarosa al 0,8 % y cuantificada con un fluorómetro Qubit 4.0 (Invitrogen, EE. UU.). La secuenciación del genoma completo (WGS) se realizó utilizando 200 ng de ADN. La biblioteca fue preparada con el kit Rapid Barcoding Kit 24 (SQK-RBK114.24, Oxford Nanopore Technologies, ONT) y secuenciada en una celda de flujo R10.4.1 utilizando el dispositivo MinION Mk1B (ONT) en modo de basecalling de superalta precisión (super-accuracy). La secuenciación produjo 90.575 lecturas brutas, de las cuales 78.129 superaron los filtros de calidad.

TABLA 1. Susceptibilidad antimicrobiana fenotípica y determinantes genómicos correspondientes en S. enterica serovar Rissen FARPER-637.

A menos que se especifique lo contrario, todo el software se ejecutó con los parámetros predeterminados. Todos los análisis, desde el procesamiento de las lecturas brutas hasta el ensamblaje de novo, se realizaron mediante la interfaz web GalaxyTrakr (10). Las lecturas fueron procesadas utilizando Porechop (v0.2.4) (11) para el recorte de adaptadores, NanoFilt (v0.1.0) (12) (-q 10 --length 500) y FastQC (13) junto con MultiQC (14) para la inspección de calidad. El ensamblaje de novo se generó con Flye (v2.9.6) (15) (--nano-corr, -i 3, --meta), obteniéndose cinco contigs, incluido un cromosoma cerrado de aproximadamente 4,9 Mb. Las métricas del ensamblaje fueron cinco contigs, N50 = 4.913.518 pb y contenido GC de 52 %. La cobertura fue: cromosoma, 111× (circular); plásmido 1, 41.827 pb (457×, circular, IncX1); plásmido 2, 698 pb (3.854×, lineal); plásmido 3, 4.819 pb (867×, circular); y plásmido 4, 680 pb (3.858×, lineal).

El pulido final del consenso se realizó localmente con Medaka (v2.1.1) (16) (-m dna_r10.4.1_e8.2_400bps_sup@v5.2.0), siguiendo el flujo de trabajo estándar medaka_consensus. La anotación se realizó utilizando NCBI PGAP (17). La predicción del serovar mediante SISTR (v1.1.1) (18) confirmó S. enterica serovar Rissen, y SeqSero2 identificó el perfil antigénico 7:f,g:–. Los genes de resistencia a los antimicrobianos fueron detectados con staramr (v0.10.0) utilizando las siguientes versiones de bases de datos: ResFinder (072621; fecha de la base de datos: 24 de mayo de 2022), PointFinder (072621.2; fecha de la base de datos: 1 de febrero de 2021), PlasmidFinder (fecha de la base de datos: 18 de enero de 2023) y MLST 2.23.0. Los determinantes de resistencia a los antimicrobianos detectados incluyeron blaTEM-1B, tet(A) y qnrB19, todos localizados en un plásmido IncX1. No se identificaron genes mcr.

La concordancia genotipo-fenotipo fue consistente: blaTEM-1B se correlacionó con la resistencia a la ampicilina, tet(A) con la resistencia a la tetraciclina y la doxiciclina, y qnrB19 con efectos limítrofes sobre las quinolonas. Estos hallazgos coincidieron con la resistencia fenotípica observada a los β-lactámicos, la tetraciclina, la doxiciclina y los efectos limítrofes de las quinolonas. La resistencia a la colistina no presentó genes mcr conocidos mediados por plásmidos, lo que sugiere la participación de mecanismos de resistencia cromosómicos o alternativos. La Tabla 1 resume la concordancia entre fenotipo y genotipo.

Este informe documenta la primera caracterización genómica de S. Rissen en cerdos de Perú, destacando la necesidad de ampliar la vigilancia genómica de la resistencia a los antimicrobianos (RAM) en los sistemas pecuarios de América Latina (1, 19).

Este artículo fue publicado originalmente en Microbiology Resource Announcements, febrero de 2026, Volumen 15, Número 2. DOI: 10.1128/mra.01314-25. Este es un artículo de acceso abierto distribuido bajo los términos de la licencia internacional Creative Commons Attribution 4.0.