La evaluación de la salud intestinal en pollos generalmente implica puntuación de lesiones, histología, perfil de microbiota y biomarcadores seleccionados, pero carece de un método de evaluación funcional estandarizado.

Se desarrolló un nuevo enfoque utilizando la transcriptómica de tejidos para evaluar la función intestinal. Este método cuantificó el ARNm a través de métodos de selección en siete funciones intestinales: digestión y absorción, metabolismo de nutrientes, función inmune, equilibrio oxidativo, metabolitos microbianos y eje intestino-cerebro.

Un algoritmo de activación de vías basado en topología (BIOFRACTAL, Portugal) analizó las características de las vías significativamente activadas en los tratamientos en comparación con sus respectivos controles. La significancia se evaluó con un valor de P ajustado < 0,05.

Se calculó un índice del sistema intestinal estandarizado (GSI; Gut SAVVYTM, BIOFRACTAL, Portugal) utilizando una puntuación de similitud que compara las características del tratamiento con una población de enteritis aguda de referencia, donde -100 % coincidió con la enteritis y +100 % indicó el perfil opuesto.

El GSI (Gut System Index) se validó con cuatro conjuntos de datos: 1) muestras de yeyuno de pollos Leghorn desafiados con E. maxima en el día 21 versus controles (n = 512), 2) muestras de íleon de pollos de engorde Ross 708 desafiados con E. maxima versus no desafiados en 6 DPI (n = 20), 3) muestras de yeyuno de granjas con FCR bajo versus alto en un complejo de EE. UU. en el día 27 (n = 64) y 4) muestras de íleon de pollos alimentados con Avilamicina versus controles sanos en el día 35 (n = 20).

En el conjunto de datos 1, los valores de GSI para los pollos desafiados fueron -30%, -57%, -99% y -73% (adjP < 0,05) a los 2, 4, 6 y 8 DPI, respectivamente, y la digestión y la absorción mostraron un impacto temprano (-50% a los 2 DPI) frente a los controles.
El conjunto de datos 2 mostró un GSI de -94 % (P < 0,05) en el íleon de pollos de engorde a los 6 DPI.
El conjunto de datos 3 indicó un GSI de +58 % (P < 0,05) para granjas con bajo índice de conversión alimenticia (ICC) en comparación con las granjas con alto ICC, lo que se correlacionó con una diferencia de 7 puntos en el ICC al día 63; la digestión y la absorción alcanzaron un máximo de +81 % en las granjas con bajo ICC.
El conjunto de datos 4 reveló un GSI de +47 % (P < 0,05) con avilamicina, lo que destaca cambios en la modulación inmunitaria (+55 %) y el equilibrio oxidativo (+55 %).

Este método basado en la transcriptómica cuantificó eficazmente los cambios en siete funciones intestinales clave y ofreció un índice funcional de los impactos tanto perjudiciales como beneficiosos en conjuntos de datos independientes.

Palabras clave: salud intestinal, transcriptómica, expresión génica, índice de salud, pollo

Desarrollo y validación de un índice basado en transcriptómica para evaluar las funciones intestinales de los pollos

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