El futuro de los diagnósticos en la industria avícola

Es probable que la secuenciación de próxima generación directa (tNGS), con su indudable capacidad diagnóstica superior a la PCR en tiempo real (RT-PCR), y la NGS directa no dirigida (ntNGS), con su mayor capacidad para identificar y caracterizar múltiples agentes, se conviertan en métodos diagnósticos de elección en el futuro.

La tNGS es un método rápido y sensible para la caracterización precisa de agentes sospechosos. La ntNGS, también conocida como diagnóstico agnóstico, no requiere una hipótesis y se ha utilizado para identificar infecciones insospechadas en muestras clínicas. Aplicado en forma de metagenómica multiplexada de ADN total o como secuenciación de ARN total, el enfoque produce informes exhaustivos y procesables que permiten la identificación semicuantitativa de la mayoría de los agentes presentes en muestras respiratorias, cloacales y tisulares.

Las ventajas diagnósticas del uso de la NGSt directa y la NGSnt son la alta especificidad, la compatibilidad con diferentes tipos de muestras clínicas (frescas, congeladas, tarjetas FTA e incluidas en parafina), la producción de perfiles de infección casi completos (virus, bacterias, hongos y parásitos), la producción de información "semicuantitativa", el genotipado directo de agentes y la información mutacional de agentes infecciosos.

Aquí se describen los logros de la NGS en términos de diagnóstico de problemas avícolas, junto con las aplicaciones futuras. La multiplexación, el desarrollo de procedimientos operativos estándar, la robótica, los kits de secuenciación, la bioinformática automatizada, la computación en nube y la inteligencia artificial (IA) son disciplinas que convergen hacia el uso de esta tecnología para la vigilancia activa en granjas avícolas.

Es probable que otros avances en la secuenciación NGS humana y veterinaria puedan adaptarse a las especies aviares en el futuro.

Palabras clave: NGS; diagnóstico; aviar; pollos; vigilancia; secuenciación aleatoria; secuenciación dirigida; clínica; virus; bacterias; bioinformática.

Abstract publicado en Veterinary Sciences 2023, 10,690. https://doi.org/10.3390/ vetsci10120690. Traducido y reproducido en engormix.com por gentileza de los autores: Next-Generation Sequencing for the Detection of Microbial Agents in Avian Clinical Samples