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Caracterización genómica de una cepa de Salmonella enterica subsp. enterica serotipo Infantis, aislado en pollos procedentes de una granja del sur chico de Perú

Publicado el: 1/11/2019
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INTRODUCCIÓN

Salmonella enterica subsp. enterica serovar infantis (S. infantis) es un serotipo emergente en la industria avícola [1]. Su importancia está asociada principalmente a su elevada prevalencia y resistencia a antibióticos [2], ocasionando pérdidas económicas significativas.
En Perú, S. infantis es el serotipo más prevalente en granjas de pollos (91.43%) [3] y el tercero más frecuentemente aislado de humanos y alimentos.
Sin embargo, hay información limitada sobre secuencias completas del genoma de S. Infantis aislados a partir de pollos, lo que limita realizar estudios epidemiológicos moleculares, investigación de brotes y su posible implicancia en la salud animal y humana.

OBJETIVO

Caracterizar a nivel genómico una cepa de S. Infantis aislado a partir de pollos broiler procedentes de una granja del sur chico de Perú.

I. Aislamiento microbiológico

II. Identificación molecular

III. Secuenciamiento y análisis genómico

RESULTADOS

Figura 01. Identificación molecular de Salmonella spp. A. integridad del ADN genómico en gel de agarosa 0.8%. B. Producto de PCR: Gen InvA en gel de agarosa 2%. M: marcador de peso molecular (A) E gel High range DNA ladder (B) O’GeneRuler DNA Ladder. Carril 1-2: muestras FARPER-219, carril 3: Control positivo (Salmonella spp.), carril 4: Control negativo.

En total se generaron 99,112 lecturas (longitud promedio, 7,478 bp; y N50, 11,183 bp). El genoma emsamblado resultó con 3 estructuras genómicas: 1 cromosoma circular de 4.7 Mb (cobertura 105x, %GC=52.3) (Fig. 2), 1 plásmido circular de 320 Kb (cobertura 99x, %GC=50.4) y 1 contig lineal de 41 Kb (cobertura 231x, %GC=34.5). Se anotaron 4,651 genes, 4,542 CDS, 86 tRNA y 22 rRNA en el cromosoma; 353 genes (353 CDS) en el plásmido; y 57 genes (57 CDS) en el contig lineal.

Figura 02. Representación circular del cromosoma bacteriano de Salmonella Infantis-FARPER-219 usando DNAplotter de Artemis. Círculo celeste: forward coding sequence; círculo verde: reverse coding sequence; círculo rojo: Islas genómicas predichas; círculo morado: tRNA y mRNA; quinto círculo %GC y sexto círculo inclinación del GC.

La cepa fue genotipificada como ST-32. El análisis de secuencias (16S rRNA) de FARPER-219 mostró 100 % de identidad con la cepa S. Infantis CFSAN003307 (CP019202.1). Se identificaron 53 islas genómicas en el cromosoma y 8 en el plásmido. Se obtuvo la predicción de 10 genes de resistencia a antibióticos: aminoglúcósidos (4 genes), β-lactámicos (1 gen), fosfomicinas (1 gen), fenicoles (1 gen), sulfamidas (1 gen), tetraciclinas (1) y a trimetoprimas (1 gen).

CONCLUSIONES

  • La cepa FARPER-219 fue identificada como Salmonella enterica subsp. enterica serovar Infantis en la que se identificó un cromosoma, un plásmido y un contig lineal.
  • Este estudio proporciona información importante para facilitar los estudios moleculares de S. Infantis y mejorar los sistemas de monitoreo en las granjas avícolas.

Referencias bibliográficas

 
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