¿Es el diagnóstico agnóstico el futuro?

Un estudio reciente realizado por Butt y otros demuestra que la secuenciación aleatoria de la próxima generación se puede utilizar con éxito para la identificación diagnóstica y el genotipado de los virus de la enfermedad de Newcastle presentes en los tejidos de pollo fijados con parafina (FFPE).

El equipo del Dr. Afonso utilizó este enfoque para caracterizar los genomas del virus de la enfermedad de Newcastle a partir de muestras recolectadas en el campo obtenidas durante brotes de enfermedades en aves comerciales en Pakistán. Se demostró la viabilidad de los tejidos FFPE para proporcionar una secuencia de calidad para los genomas completos del virus de la enfermedad de Newcastle y la capacidad de realizar estudios epidemiológicos utilizando muestras de tejido de campo. El FFPE es uno de los tipos de muestra más comunes utilizados por los patólogos y la información provista por el genotipo es importante para rastrear brotes y desarrollar vacunas.

El equipo del USDA demostró la identificación precisa del agente en bazos, pulmones, cerebros e intestino delgado de pollos. Las secuencias de codificación completas de los virus de las muestras de FFPE proporcionaron una mejor resolución que la secuenciación de genes únicos o gene parcial e identificaron las variantes del virus de la enfermedad de Newcastle que circulaban en ese momento. Demostró la superioridad de la secuenciación aleatoria profunda sobre otros métodos convencionales como PCR, PCR en tiempo real o secuenciación Sanger. Este tipo de resolución epidemiológica fina es importante para rastrear el origen de los virus.

El uso de tejidos FFPE es ventajoso porque las muestras pueden transportarse de manera fácil y segura a los laboratorios de secuenciación ya que todos los patógenos están inactivos. El enfoque también es práctico porque los tejidos FFPE son un tipo primario de muestra utilizada en las pruebas patológicas de rutina. Como la técnica no requería ningún procedimiento de enriquecimiento de virus, es probable que sea aplicable para detectar otros tipos de agentes virales.

El uso de un enfoque de secuenciación aleatoria no dirigida hizo innecesario desarrollar una hipótesis previa o usar reactivos específicos de virus para este tipo de diagnóstico, por lo tanto, sugiere que el "diagnóstico agnóstico" puede convertirse en una realidad pronto.

Para acceder al trabajo completo en idioma inglés: 

Butt SL, Dimitrov KM, Zhang J, Wajid A, Bibi T, Basharat A, Brown CC, Rehmani SF, Stanton JB, Afonso CL. Enhanced phylogenetic resolution of Newcastle disease outbreaks using complete viral genome sequences from formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples. Virus Genes. 2019 Aug;55(4):502-512. doi: 10.1007/s11262-019-01669-9. Epub 2019 May 14. PubMed PMID: 31089865.