Esta enfermedad es producida por un virus, cuyo vector o transmisor es el mosquito (o todo insecto hematófago). Debido a esto último, es una enfermedad que principalmente se manifiesta en la época de calor (nótese que dice principalmente – no descartar su aparición en otros momentos del año).
Las dos únicas maneras de mantener lejos a esta enfermedad es aplicando la vacuna, o sea por inmunidad de los animales (por lo general sólo a reproductores), y el control de insectos, o sea la eliminación del vector. Debido a la rápida mutación del virus, ya se ha detectado mixomatosis transmisible por aire, por lo que idealmente, los animales deberían estar constantemente inmunizados.

Existen dos tipos de vacunas, las heterólogas y las homólogas.

Heterólogas: son las que utilizan como antígeno vivo a un virus vacunal distinto del que produce la mixomatosis, pero que estimulan defensas específicas capaces de neutralizar al virus de dicha enfermedad. Se utiliza como virus heterólogo el productor de la Fibromatosis (enfermedad vírica que causa síntomas y lesiones difíciles de diferenciar clínicamente de los de la mixo, pero que afecta solamente al conejo americano Sylvilagus).

Homólogas: son las que utilizan como antígeno vivo al virus de la mixomatosis, pero atenuado por tratamientos laboratoriales. Todos los antígenos utilizados han partido de cepas de baja patogenicidad. Por tratamientos de laboratorio, estos virus han perdido su capacidad de difusión, quedando con niveles de patogenicidad residual baja, detectada únicamente en animales estresados o inmunodeprimidos, pero difíciles de observar en animales sanos. Los síntomas observados en estos animales inmunodeprimidos han sido edema palpebral con enrojecimiento de las conjuntivas y neumonía. Estos procesos suelen ser transitorios y cursan sin bajas si no hay presencia de agentes secundarios.

Ventajas de las homólogas: 
   • Buena replicación antigénica
   • Débil poder patógeno
   • Duración de la inmunidad superior a las heterólogas
   • Reacción post-vacunal. La presencia de nódulo tras la vacunación por Dermojet indica que se ha formado un mixoma primario, y que posiblemente la inmunidad esté garantizada.

La aplicación de estas vacunas puede realizarse por vía subcutánea o intradérmica mediante jeringa Dermojet. La vía intradérmica es más rápida y evita los contagios por aguja en granjas con mixomatosis, pero es también menos persistente y más irregular.
Teniendo en cuenta que la inmunidad pasiva del conejo procedente de reproductores vacunados se agota entre 28 y 30 días, estos animales podrían verse afectados por mixomatosis a partir de esa fecha.
Asimismo, los tratamientos antiparasitarios anteriores a la vacunación son siempre favorables a la misma.